Il naît à Toulouse, en Haute-Garonne, le 18 septembre 19612. À 8 ans, il écrit, dans le cadre d'un travail scolaire, l'histoire d'une puce se promenant sur un corps humain. Dès l’âge de 13 ans, il écrit des histoires pour un fanzine, partie de sa vie qui lui servira pour ses romans, comme dans L’Empire des anges. Après ses études en criminologie à l'Institut de Criminologie de Toulouse et de journalisme à l'École Supérieure de Journalisme de Paris, il devient pigiste dans plusieurs journaux (L'Événement, Le Point, magazine, etc.) puis journaliste scientifique de 1983 à 1990 au Nouvel Observateur. Il rédige aussi des billets d'humeur dans le magazine Eurêka. De ces années lui vient son goût pour la science, qu’il mêle avec ses thèmes favoris, des fourmis à la mort jusqu’aux origines de l’humanité.

Bernard Werber publie son premier roman, Les Fourmis, en 1991. Ses œuvres ont été traduites en trente-cinq langues. Avec 20 millions d’exemplaires vendus dans le monde4, Bernard Werber est, avec Marc Levy, l'un des auteurs français contemporains les plus lus au monde. Il est même considéré comme une star en Corée du Sud5, pays où il vend davantage qu'en France, et a reçu un accueil très enthousiaste en Russie.

À la suite de son livre éponyme, il a lancé l’Arbre des possibles, site Web et « projet pour rechercher ou imaginer les futurs possibles de l’humanité ». Le premier long métrage de cinéma réalisé par Bernard Werber, Nos amis les Terriens, est sorti en avril 2007, et a été produit par Claude Lelouch.

Bernard Werber est membre du collectif d'écrivains français La Ligue de l'Imaginaire créé en 2008.